医保历年账户和本年账户的区别主要在于资金不同。医保历年账户里的钱是参保人员在本年度以前缴过的费用加上单位缴纳的纳入个人账户的部分，再扣除掉之前看病用掉的钱和本年度预注的金额，最后加上利息所得。
而医保的本年账户里的钱实际上参保人员还并没有缴过，是按照参保人员上一社保年度的缴费基数计算出来的医疗保险金额纳入个人账户的部分。也就相当于是预付给参保人员的，最后还要结算上一年度预付的钱，多退少补。
用计算公式表示的话，历年账户=(个人医疗保险本年度缴费合计+单位缴费计入个人账户部分的金额-本年度年初预注额+本年度末账户余额-上年度扣减额+本年度医保调整额+其他保险转入额)×(1+利率)。
本年账户=(下年度预注月记账额×12)+个人账户单位缴费部分计入标准+本年度结算额(如本年度结算额为负数)。